Ειδικά θέματα Βιοπληροφορικής

Bιοπληροφορικής ενδότερα : Perl

Θεωρητικό μέρος

Perl: η κυρίαρχη γλώσσα για µικρές (και µερικές φορές όχι και τόσο µικρές) εφαρµογές Βιοπληροφορικής. Γενικά χαρακτηριστικά γλώσσας, Συγγραφή και εκτέλεση προγραµµάτων, Δοµή προγραµµάτων: το πρώτο πρόγραµµα σε Perl, Τύποι µεταβλητών : scalars, Οι δύο πρώτες εντολές : for, while, Πρακτική άσκηση 1η, Τύποι µεταβλητών : arrays, Εντολές: foreach, sort, Πολυδιάστατοι πίνακες (2D & 3D), Καθιερωµένη είσοδος: <STDIN>, Εντολή split, Πρακτική άσκηση 2η, Καθιερωµένη είσοδος: αλλαγή του τρόπου ανάγνωσης, Είσοδος/έξοδος από αρχεία, Τύποι µεταβλητών : hash arrays, Πρακτική άσκηση 3η, Συναρτήσεις και παράµετροι, Επανάληψη της µέχρι τώρα ύλης, Πρακτική άσκηση 4η, Regular expressions, Πρακτική άσκηση 5η, Εφαρµογή: ένα πρόγραµµα σε perl το οποίο θα βρίσκει και θα τυπώνει την µεγαλυτέρου µήκους κοινή υπακολουθία µίας οµάδας αλληλουχιών, Πρακτική άσκηση 6η.


Πρακτικές ασκήσεις

• Ανάλυση μιας συνάρτησης µε τη βοήθεια ενός προγράµµατος σε perl. • Συγγραφή ενός προγράµµατος που υλοποιεί τη µέθοδο Bradford για τον προσδιορισµό της πρωτεϊνικής συγκέντρωσης. • Υπολογισµός µοριακού βάρους πρωτεΐνης από την πρωτοταγή της δοµή (αλληλουχία). • Συγγραφή ενός προγράµµατος σε perl το οποίο θα διαβάζει ένα PDB αρχείο και θα βρίσκει τις διαστάσεις (στο ορθοκανονικό σύστηµα αξόνων και σε Angstrom) του µορίου που περιέχει το PDB αρχείο. • Συγγραφή ενός προγράµµατος σε perl το οποίο θα διαβάζει ένα αρχείο µε όλες τις αλληλουχίες της swissprot, και θα βρίσκει το µήκος σε κατάλοιπα και τον κωδικό της µεγαλύτερης σε µήκος αλληλουχίας. • Συγγραφή ενός προγράµµατος σε perl το οποίο θα βρίσκει όλες τις κοινές υπακολουθίες µίας οµάδας αλληλουχιών.