Αγαπητές και αγαπητοί,
Στην ενότητα "Εργασίες" θα βρείτε την περιγραφή της εργασίας - άσκησης που θέλω να κάνετε σχετικά με τα φυλογενετικά δέντρα. Θα πρέπει να δημιουργήσετε ένα NJ φυλογενετικό δέντρο με ένα online εργαλείο ή με οποιοδήποτε άλλο τρόπο εσείς θέλετε (π.χ. R, Python, άλλο πρόγραμμα). Στο μάθημα χρησιμοποιήσαμε το MAFFT (https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/). Στο δέντρο θα παρουσιάσετε τις φυλογενετικές σχέσεις μεταξύ 5 οργανισμών της ίδιας οικογένειας ή του ίδιου γένους ή ακόμα και πληθυσμών του ίδιου είδους και θα έχετε και έναν ακόμα οργανισμό σαν outgroup. Εσείς διαλέγετε τους οργανισμούς και το γονίδιο ή τμήμα του DNA που θα χρησιμοποιήσετε για την κατασκευή του δέντρου.
Ο πιο καλός τρόπος είναι να εξετάσετε τη βιβλιογραφία και να βρείτε μία barcoding περιοχή ή ένα χαρακτηριστικό γονίδιο. Στη συνέχεια θα κατεβάσετε για τους 5+1 οργανισμούς που επιλέξατε τια αλληλουχίες για τη συγκεκριμένη περιοχή του DNA από βάσεις δεδομένων (π.χ. Ensembl, NCBI). Μην διαλέξετε πολύ μεγάλες περιοχές, αλλά ούτε και τρομερά μικρές. Ανάμεσα σε 400-1600 bp είναι μια χαρά.
Παρακαλώ να ετοιμάσετε ένα αρχείο σε μορφή pdf και να το ανεβάσετε εδώ, μέχρι την Παρασκευή 29 Νοεβρίου 2024. Το αρχείο θα περιλαμβάνει το δέντρο που φτιάξατε και μια σύντομη ερμηνεία του (φυλογενετική υπόθεση) που προκύπτει aπό αυτό, μέσα σε 4-5 γραμμές το πολύ! Το αρχείο θα έχει σαν όνομα το δικό σας επίθετο. Παρακαλώ μην μου στείλετε τις εργασίες σας με email.
Οι εργασίες είναι ατομικές.
Καλή συνέχεια!
Α. Παπαγεωργίου
